A Contabilidade Geral do Estado foi criada pela Lei Complementar nº 1.109, de 12 de novembro de 2021, e no mesmo ano teve alterações introduzidas pela Lei Complementar nº 1.121, de 23 de dezembro de 2021. Ainda em 2021, a estrutura da Contabilidade Geral do Estado também passou a ser impactada pela Lei Complementar nº 1.115, de 22 de dezembro de 2021, posteriormente alterada pela Lei Complementar nº 1.280, de 26 de maio de 2025, que trouxe ajustes adicionais à organização administrativa e funcional da área contábil no âmbito do Poder Executivo.

Anteriormente, a função era desempenhada pela Superintendência de Contabilidade, vinculada e subordinada à Secretaria de Estado de Finanças, instituída por meio da Lei Complementar nº 697, de 26 de dezembro de 2012, reformada pela Lei Complementar nº 911, de 12 de dezembro de 2016.

Em 13 de maio de 2022, a Lei Complementar nº 1.109/21 foi regulamentada pelo Decreto nº 27.158, de 12 de maio de 2022.

A Contabilidade Geral do Estado tem por finalidade definir, disciplinar e exercer a supervisão técnica e a orientação normativa dos processos pertinentes à Contabilidade Governamental dos Poderes relativos à execução orçamentária, financeira e patrimonial da Administração Pública Direta, Autárquica, Fundacional e Fundos Estaduais, com vistas à elaboração das demonstrações contábeis e informações gerenciais.